La Catedral cuenta con varias sacristías. La sacristía mayor está al final de la nave lateral derecha; es precedida por una antesacristía y cuenta con una colección de óleos en los que se retrata a todos los obispos y arzobispos de Guatemala. En ella se conservan también otras pinturas de grandes dimensiones, que representan a varios santos. La sacristía de la Capilla del Sagrario cuenta también con varios óleos, que tienen en común el tema eucarístico. La sacristía de la Capilla del Socorro conserva los ángeles y arcángeles de la Inmaculada Concepción.

Al final de la nave lateral izquierda, en cambio, se encuentra la famosa Sala Capitular o Sala del Muy Noble Cabildo Eclesiástico Metropolitano. También está precedida por una antesala, donde originalmente se ubicaba la capilla del Cristo de Esquipulas. En la Sala Capitular se conservan varios óleos de grandes dimensiones con retratos de tamaño natural de varios Arzobispos de Guatemala. Esta sala es muy importante ya que en ella se decidió la Independencia patria en 1821.

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