Una baranda de mármoles separa la nave central del presbiterio. En él encontramos el altar y los demás elementos para las celebraciones cristianas. El altar mayor fue hecho entre 1962 y 1964, con mármoles de Carrara y ónix así como con bronces traídos de Europa. Consta de una hermoso baldaquino que se encuentra sobre el altar mayor, colocado exactamente en el centro de la cruz latina que forma toda la Catedral. De hecho, la celebración eucarística es el centro de la Catedral, ya que es, como dice el Concilio Vaticano II, “la fuente y la cumbre de toda la vida cristiana”. Sobre este altar, la liturgia católica hace presente a Jesús entre los fieles. Nos reunimos alrededor del altar, que representa la mesa del Señor, y la piedra de su sacrificio. Exactamente bajo el altar, se encuentran las reliquias del apóstol Santiago, patrono de la Arquidiócesis y de esta Iglesia Catedral. El baldquino que corona el altar, es una estructura formada por una cúpula semiesférica coronada por una cruz de bronce que se apoya sobre cuatro enormes columnas de ónix.
Este altar de mármol con baldaquino sustituye al antiguo retablo mayor de madera, que se colocó después de los terremotos acaecidos a principios del siglo XX y que sustituyó, a su vez, al altar de mármol estrenado en 1860 y destruido durante dichos los terremotos. Es obra del maestro Julio Urruela a petición de monseñor Mariano Rossell Arellano. El altar fue terminado en noviembre de 1964 y su bendición estaba programada para el 10 de diciembre de 1964; sin embargo, ese día murió Mons. Rossell, por lo cual su bendición fue diferida por dos años, hasta el 30 de octubre de 1966, bendiciéndolo Mons. Casariego.
En el presbiterio también se encuentra la Cátedra del Arzobispo. De hecho, las catedrales son así llamadas por la palabra cathedra (voz latina que significa “silla”), y que representa la autoridad que el Arzobispo ejerce en nombre de Dios y de la Iglesia, enseñando, santificando y gobernando a su grey. Desde esta cátedra el Arzobispo, además, une a la Iglesia local (la Arquidiócesis de Guatemala con unos 4 millones de habitantes) con la Iglesia universal. Sobre la Cátedra se encuentra colocado el escudo de armas del actual Arzobispo.
Asimismo, en el presbiterio se encuentra el púlpito o ambón, también de mármol, a la izquierda del altar mayor, desde donde se proclaman las palabras de la Sagrada Escritura y desde donde el Espíritu de Dios habla a aquellos que tienen “oídos para oír”. Las características de este presbiterio nos recuerdan la presencia de Cristo en la comunidad, en el obispo o sacerdote celebrante, en las Sagradas Escrituras, y en el pan y el vino consagrados y recibidos en la Santa Comunión.
>El piso de todo el presbiterio hace juego con los elementos descritos y está compuesto por baldosas de mármol en dos tonalidades gris. Este conjunto se cierra con una barandilla abalaustrada de ónice beige y mármol rosa con puertas fundidas en bronce.
Finalmente, si alzamos la mirada en el presbiterio, veremos también una hermosa lámpara de plata que pende sobre el altar. Es un extraordinario ejemplo de la orfebrería guatemalteca. Fue hecha por Manuel de Jesús Ballinas y Gálvez en 1796 por encargo del Cabildo Eclesiástico y fue colocada y bendecida hasta el 23 de marzo, sábado santo del año 1815.
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