Atrás del altar mayor, se encuentra el Coro de los canónigos, lugar desde donde se rezaba la Liturgia de las Horas en los días solemnes. Consiste en una sillería concéntrica que acomuna la plegaria. En el centro de dicho coro, luce todavía el bellísimo facistol tallado en maderas preciosas, y con incrustaciones de concha nacar, que fuera traído de las Filipinas en la época de la Colonia. Este coro es dominado, a media altura, de la imagen de la Virgen de la Asunción, patrona de la ciudad, y es coronado, en la parte alta, con una hermosa imagen del patrono de la Catedral, el apóstol Santiago.

Desde el fondo de la Nave Central puede usted también contemplar el órgano mayor, que domina dicha nave desde el Coro frontal. Este órgano monumental fue construido en la casa Walker de Alemania y fue pagado en dos tercios de su valor con sacos de café; estrenado en 1937, es actualmente único en su género en todo el mundo. A decir de los expertos de la Casa Walcker, es de los tres órganos de dichas dimensiones que se conservan en el mundo, el de mayor valor no sólo por su estado de conservación sino por las especificaciones con las cuales fue construido para poder interpretar música sacra del tiempo de la colonia española. Tiene más de 4,800 flautas con 47 registros efectivos, 3 teclados manuales y pedalero semicóncavo que produce, desde los tonos más suaves que el oído humano puede captar, hasta los más agudos que se pueden ejecutar.

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