A las criptas, llamadas popularmente “bóvedas” o “catacumbas”, se ingresa por tres puertas situadas al oriente de la Catedral. Cada una de las criptas posee un nombre distinto de acuerdo con su ubicación y las personas allí enterradas. Por ejemplo, existe la cripta o panteón de los prelados, en la que se enterró a la mayoría de dignatarios eclesiásticos y se encuentra justo bajo la Sala Capitular. Luego están las criptas de la Capilla de la Virgen del Socorro, de la capilla de la Inmaculada Concepción y el apóstol Santiago; también la cripta de la Capilla del Sagrario y la cripta de la Capilla de la Sacristía Mayor. Todas ellas comunicadas por tres grandes bóvedas que corren paralelas y que se encuentra bajo las naves central y procesionales del templo. En la mayoría de estas criptas, hay enterramientos, aunque algunos no están debidamente identificados y algunos carecen de lápidas. Se abren al público el 1 y 2 de noviembre, días de Todos los Santos y de los fieles difuntos respectivamente, y también el 26 de abril, fecha del aniversario del asesinato de Monseñor Juan Gerardo Conedera.
Entre las personalidades más importantes que se encuentran enterradas en las criptas de la Catedral están varios arzobispos de Guatemala (Próspero Penados del Barrio, Mario Casariego y Acevedo, Luis Durou y Sure, Francisco de Paula García Peláez, Ricardo Casanova, Juan Félix de Villegas, Rafael de la Vara, Luis Javier Muñoz y Capurón, Ramón Casaús y Torres), otros obispos (Juan Gerardi, Rafael González, Luis Mario Martínez de Lejarza, José María y Manuel Francisco Barrutia y Crocker, Julián Rodríguez Barranco y el obispo electo Antonio Larrazabal), canónigos del Cabildo Eclesiástico, Sacristanes mayores de la Catedral y otros sacerdotes. También se encuentran algunos familiares de los arzobispos y obispos, así como otras personas ligadas a la vida del Arzobispado. Finalmente, algunos gobernantes y sus consejales, entre los que destacan Rafael Carrera y José María Reina Barrios, así como el mariscal Serapio Cruz, entre otros.
Veamos cada una de las criptas:
Cripta de los Prelados
Esta cripta se encuentra bajo la Sala Capitular, es decir, bajo la Sala del Venerable Cabildo Eclesiástico Metropolitano. En esta cripta se encuentran sepultados dos Arzobispos: Juan Féliz de Villegas (+ 1800) y Rafael de la Vara de la Madrid (+ 1809). Asimismo otros obispos: Manuel Julián Rodríguez del Barranco (Obispo de Comayagua, + 1819), Manuel Francisco Barrutia Croquer (Obispo auxiliar de la Arquidiócesis de Guatemala, + 1874), su hermano José María Barrutia Croquer (Obispo auxiliar de la Arquidiócesis de Guatemala, quien consagró la Catedral en 1860, + 1864). Asimismo, prelados del Cabildo Metropolitano, seis sacerdotes que fueron rectores de la Universidad de San Carlos y otros eclesiásticos. Aquí se encuentra la tumba más antigua, la del canónigo Antonio Alonso Cortés (+ 1796).
Cripta bajo la Nave de la Epístola
En esta cripta se encuentran los restos del Pbro. José María Batres y Náxera, quien fue rector de la Universidad de San Carlos y fungió como gobernador del Arzobispado durante el exilio de Mons. Casaus. Murió en 1838. También está la tumba del Presidente José María Reina Barrios, quien fuera asesinado en 1898 y, debido a las revueltas populares después de su muerte, no pudo ser sepultado en el Cementerio General como estaba programado, por lo que Mons. Casanova le ofreció la tumba que había preparado para él mismo. También están aquí los restos de varios familiares de Mons. Casanova, así como las tumbas del escribano Francisco Gavarrete (+ 1884) y el archivero de la curia Justo Gavarrete (+1873).
Cripta de Nuestra Señora del Socorro
Se encuentra bajo la capilla que lleva su nombre. En esta cripta también están personajes insignes. En primer lugar, el gran historiador Pbro. Domingo Juarros, quien fuera Capellán y Sacristán de la Virgen del Socorro. Escribió el "Compendio de la Historia de la Ciudad de Guatemala". Murió en 1821. También está aquí la tumba del insigne canónigo y doctor Antonio de Larrazábal y Arrivillaga, quien fuera catedrático y rector de la Universidad de San Carlos, diputado y presidente de las Cortes de Cádiz en 1811, párroco de El Sagrario y Dean del Cabildo Eclesiástico. Murió en 1853, después de legar su herencia para la construcción del antiguo altar de mármol de Catedral. También se puede encontrar aquí al Pbro. Antonio Servín de la Mora, uno de los más grandes misioneros del siglo XIX, que murió en 1877. Finalmente, se puede observar las tumbas de varios miembros de la familia de don Domingo Juarros, así como las tumbas de la esposa y la hija del Presidente Carrera y varios miembros de la familia Hidalgo.
Cripta de la Inmaculada Concepción
En esta cripta privada se encuentran los restos del arzobispo Ricardo Casanova y Estrada (+ 1913). Fue uno de los prelados más importantes de su tiempo. Ingresó al seminario después de constatar la persecución que vivía la Iglesia en tiempos de la reforma liberal. Fue nombrado Arzobispo de Guatemala en 1886 y luego exiliado en 1887. Después de casi 10 años, pudo regresar durante el gobierno de José María Reina Barrios. Trabajó muy duro para organizar la Arquidiócesis de Guatemala. Publicó un famoso "Ritual del Arzobispado de Guatemala", así como varios tratados de doctrina, pastoral y oratoria. Murió mientras hacía la visita pastoral de la Parroquia de Cantel, Quetzaltenango.
Cripta de Santiago Apóstol
En esta cripta descansa el arzobispo Francisco de Paula García Peláez (+1867). Guatemalteco, originario de San Juan Sacatepéquez, Mons. García Peláez fue catedrático de Doctrinas Económicas. Nombrado obispo auxiliar con derecho a sucesión en el tiempo del exilio de Mons. Ramón Casaus y Torres, tomó posesión como arzobispo a la muerte de éste en 1845. Fue un gran historiador, autor de las "Memorias para la Historia del Antiguo Reino de Guatemala". Escribió también sobre Santiago Apóstol, a quien profesaba especial devoción. En su tiempo, se prosiguieron las obras de la Catedral, que habían sido suspendidas por la expulsión del Arzobispo Casaus. Fue el único Arzobispo de su tiempo que no fue exiliado del país.
Enterramientos bajo la Nave Central
Aquí se encuentran dos grandes Arzbispos del siglo XX: Mons. Luis Durou y Suré, originario de Francia. Gran misionero paulino, fue nombrado XIV Arzobispo de Guatemala. Se le recuerda como un hombre bondadoso, humilde, pobre. Murió en 1938. También se encuentran aquí los restos del querido y recordado Cardenal Mario Casariego y Acevedo, originario de Oviedo, España, y quien llegó a ser sacerdote somasco con la ayuda de Mons. Mariano Rossell y Arellano. Fue precisamente escogido para ser el sucesor de Mons. Rossell; elevado a la dignidad cardenalicia, murió en 1983 después de haber visto al Papa Juan Pablo II por primera vez en Guatemala. También estàn aquí otros prelados. Son ellos el Dr. Francisco Espinoza y Palacios (+1889) y su hermano Manuel Cecilio Espinoza y Palacios (+ 1868), los canónigos Pedro García (+ 1889) y Manuel González (+1894). Todos ellos fueron gobernadores del arzobispado durante el exilio de Mons. Piñol y Aycinena. Finalmente se puede observar la tumba del Dr. Gonzalo de la Cerda Alejos (+ 1967).
Cripta de la Sacristía Mayor.
Está ubicada precisamente bajo la sacristía de la Catedral. En ella se encuentran sepultados dos arzobispos: Mons. Luis Javier Muñoz y Capurón (quien murió en el exilio en 1927 y fue traido a Guatemala en 1945) y el querido y recientemente fallecido Mons. Próspero Penados del Barrio (único arzobispo que pudo entregar la diócesis a su sucesor, permaneciendo como emérito desde 2001 hasta 2005 cuando murió). También están varios obispos auxiliares de la Arquidiócesis: Mons. José Rafael González Estrada (+ 1994) y Mons. Luis Mario Martínez de Lejarza (+ 1980). Particular atención merece la tumba de Mons. Juan José Gerardi Conedera, quien fuera obispo de la Verapaz, posteriormente de Santa Cruz del Quiché y, a su salida de dicha diócesis por causa del conflicto armado interno, auxiliar de la Arquidiócesis de Guatemala. Gran impulsor de la Oficina de Derechos Humanos del Arzobispado y el Proyecto Interdiocesano para la recuperación de la memoria histórica del conflicto armado interno, fue brutlmente asesinado el 26 de abril de 1998. Finalmente se encuentran aquí también los restos de varios prelados, así como los del Presidente Vitalicio Rafael Carrera (+ 1865) y los del Mariscal de Campo Serapio Cruz (+ 1870).
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